Durch Inaugenscheinnahme der Räume, der Arbeitsgeräte, der Arbeitsflächen und der Sauberkeit des Personals überzeugt sich der Kontrolleur von dem Hygienestatus des Betriebes.

Die Probennahme erfolgt risikoorientiert auf der Grundlage von Probenplänen der Länder, des Bundes und der EU, aber auch bei Verdachtsmomenten, denn viele Gefahren, die durch den Verzehr von Lebensmitteln entstehen, sind meist nur durch gezielte Laboruntersuchungen zu ermitteln.

Eine wichtige Pflicht jedes Lebensmittelunternehmers ist die Gewährleistung der Rückverfolgbarkeit der Lebensmittel. Er muss dem Kontrolleur nachweisen können, woher er wann welche Waren bezogen hat, zu welchen Produkten sie ggf. verarbeitet wurden und an wen die Lebensmittel abgegeben wurden (letzteres entfällt beim Einzelhändler).

Für einige Geräte und Maschinen, wie z. B. Getränkeschankanlagen oder Kühlräume in Fleischereien, ist die regelmäßige eigenbetriebliche Überprüfung und Dokumentation vorgeschrieben. Anhand der Aufzeichnungen lässt sich dann die Einhaltung der Kühlkette nachweisen.

Nach den Vorschriften des Lebensmittelhygienerechts ist jeder Unternehmer, der Lebensmittel in den Verkehr bringt, verpflichtet, ein Eigenkontrollsystem nach den Grundsätzen des HACCP einzurichten und die Ergebnisse zu dokumentieren.

HACCP ist eine Abkürzung des amerikanischen Begriffs: „Hazard Analysis of Critical Control Points“ und bedeutet: „Gefahrenanalyse an kritischen Kontroll-/ Steuerungspunkten“. Dieses System beinhaltet die Ermittlung von Gesundheitsgefährdungen und die Steuerung der kritischen Punkte, an denen diese Gefährdungen auftreten können.

1. die Grundstücke, Betriebsräume, Geschäftsräume, Anlagen, Beförderungsmittel, Geräte und Materialien;
2. die zur Zubereitung und Herstellung von Lebensmitteln verwendeten Rohstoffe, Zutaten, technologische Hilfsstoffe und anderen Erzeugnisse;
3. die Zwischenprodukte;
4. die Enderzeugnisse;
5. die Materialien und Gegenstände, die dazu bestimmt sind, mit Lebensmitteln in Berührung zu kommen;
6. die Reinigungs- und Pflegemittel und -verfahren sowie die Schädlingsbekämpfungsmaßnahmen;
7. die für die Herstellung oder Behandlung von Lebensmitteln angewandten Verfahren;
8. die Kennzeichnung und Aufmachung der Lebensmittel;
9. die zur Konservierung dienenden Vorrichtungen;
10. die Personalhygiene.